【2026年最新】Shopify在庫管理おすすめアプリと効率化のコツ|複数拠点・外部連携まで解説

BtoB(企業間取引)において「在庫管理」の最適化は、単なる業務効率化を超えた経営戦略そのものです。本記事は、卸売とECの併用や、電話・FAX受注の管理、複数拠点の在庫同期に課題を抱えるBtoB事業者様に向けた実務ガイドです。
2026年現在、Shopifyは会社アカウントやカタログ機能、取引条件の設定などB2B機能を大幅に強化しています。これまでカスタマイズが必要だった領域も、Shopify Plusの標準機能として対応できる範囲が大きく広がりました。なお、これら高度なB2B機能は、原則としてShopify Plusプランが前提となります。
参考:Shopify公式ヘルプ(Shopify B2BはShopify Plusのストアで利用)
本記事では、弊社が大阪のEC現場で培ってきた支援実績と知見をもとに、BtoB事業者が選ぶべき最新のシステム構成を紐解きます。卸売特有の複雑な在庫フローをどう整理し、キャッシュフローを最大化させるべきか、その具体策を解説します。
BtoB在庫管理における「表示」と「引当」の設計
BtoBの在庫管理で混乱を招きやすいのが、ウェブ上の「見せ方(可視化)」と、実際の「確保(引当)」の混同です。これらを切り分けて設計することが、精度の高い運用への第一歩となります。
- Shopify Plusのカタログ機能:特定の取引先に対し、「どの商品を」「どの価格で」提供するかを制御します。必要に応じて数量ルールやボリューム価格の設定も可能です。
- 引当(ルール化):受注が入った際、どの在庫を優先的に確保するか。実務上の「確保ルール」は、外部システム(OMS/WMS)や物理的なロケーション分割による運用設計で担保します。
具体例として、「BtoB在庫はロケーションA、BtoC在庫はロケーションBに分け、受注チャネル別に出荷拠点を固定する」といった設計が挙げられます。これにより“在庫の見え方”と“引当”を物理的に分離でき、属人化を防ぐことが可能です(※最適解は商流や拠点設計により異なります)。
・SKU設計の不備:ケース販売と単品販売でSKUを分けておらず、在庫数が不一致になる。
・仮押さえの属人化:特定の得意先向けに在庫を「隠す」運用が手動で行われ、更新漏れが発生する。
・更新タイムラグ:電話受注とEC受注の在庫同期が遅れ、ウェブ側で売り越しが発生する。
標準機能 vs 外部連携|BtoB導入判断の境界線
ShopifyのB2B機能でカバーできる範囲と、外部システム(ロジクラ、ネクストエンジン等)が必要になる境界線を整理しました。
| 比較項目 | Shopify標準(Plus) | 外部連携(OMS/WMS) |
|---|---|---|
| 在庫の「仮押さえ」 | 表示制御(カタログ)で対応 | 優先順位・引当までルール化 |
| バーコード出荷検品 | 基本不可(目視が中心) | スマホ・ハンディで完全自動 |
| 拠点上限(ロケーション) | 最大200拠点(Plus) | 無制限・複雑な商流に対応 |
| 需要予測(BtoB向け) | なし | 取引先別の過去データから予測 |
※参考:Shopify公式ヘルプ(プランごとの在庫ロケーション上限数)
※利用可能なプランや仕様は変更される可能性があるため、詳細は公式サイトをご確認ください。
BtoBの業務を自動化する「Shopify Flow」の具体例
2026年、BtoB ECの生産性を劇的に変えるのがShopify Flowによる自動化です。なお、Flow自体は多くのプランで利用可能ですが、B2B機能との高度な連携にはShopify Plusが必要となります。
会社アカウント承認と条件付与の自動化
新規取引先の申請があった際、特定の条件を満たせれば自動で承認し、該当する「取引条件(カタログ価格・支払条件)」を即座に付与します。担当者へSlack通知を送ることで、リードタイムを最小化できます。
大口注文に対する在庫アラート
一定の数量閾値を超える大口注文が入った際、在庫が規定値を割り込めば自動で担当者にタスクを生成。手動チェック漏れによる欠品を防ぎます。
在庫閾値に応じたカタログ制御
在庫が一定数を割った際、一般向けカタログから商品を除外して露出を落とす、あるいは「購入導線の制御(例:カート投入ボタンの非表示)」といった運用の選択肢があります。これは、まず標準機能での運用フロー整備、難しければ専用アプリ、高度な制御にはカスタム構築という順序で検討するのが定石です。
物流・拠点管理を強化する外部システム3選
出荷ミスを抑制したい、あるいは複雑な引当ルールを自動化したいフェーズでは、外部ツールとのAPI連携が不可欠です。
ロジクラ(WMS:倉庫・検品・棚卸し)

(出所:ロジクラ 公式Webサイト)
特徴:iPhoneでバーコード検品を行うWMSです。弊社の支援事例(A.D.S.R.様)においても、出荷検品工程にバーコード検品を導入することで物流現場の人的ミスを抑制し、正確な在庫管理を実現しています。
スマレジEC(POS:店頭/ショールーム在庫)
ネクストエンジン(OMS:受注・在庫一元管理)

(出所:ネクストエンジン 公式Webサイト)
特徴:国内で導入事例の多い一元管理システムです。卸売と並行して楽天やAmazonでも販売する「ハイブリッド型EC」に最適です。複雑な受注・在庫・発注を一本化し、BtoBの大口注文における運用負荷の軽減につなげます。
在庫管理が「集客効率」に与える影響
BtoBにおいても、在庫状況はSEOや広告の成果を左右します。不適切な在庫管理は、デジタルマーケティングの投資対効果を低下させる可能性があります。
SEOおよび広告パフォーマンスへの懸念
欠品が長期化すると、ユーザーの離脱や再検索が増えやすく、結果としてSEOや広告の効率を落とす要因になります。再入荷予定の明示や代替商品への導線、問い合わせ導線をセットで設計し、ユーザー体験(UX)を損なわない運用が重要です。
在庫管理で整えたバックエンドを最大限に活かす、Shopifyの公開前チェックリストはこちら。
関連記事:Shopifyの「公開前」チェックリスト|テスト注文からドメイン設定まで全10項目
BtoB在庫管理のよくある質問(FAQ)
Shopify PlusでないとBtoB在庫管理はできませんか?
通常のプランでも在庫追跡自体は可能ですが、「取引先に紐づいたカタログ機能」や「卸専用の価格設定」はShopify Plus専用です。BtoBを本格展開する場合はShopify Plusへの移行、またはBtoB要件を満たす外部アプリの導入が必要です。
電話やFAXでの受注分はどうやって在庫同期すればいいですか?
件数が少ない場合のみShopifyでの手動調整で対応し、一定以上の件数になる場合はネクストエンジンのようなOMSへの入力を検討してください。根本的な解決策としては、取引先に直接ECサイトからの入力を促す「受注のデジタル化」が最も効果的です。
予約注文(入荷待ち)の実現方法は?
実現方法は大きく2パターンあります。1つは専用の予約販売アプリを導入し、受注ボタンを切り替える方法。もう1つはShopify Flowやメタフィールドを用いて「在庫切れ時も受注を継続」させるカスタム構築を行う方法です。
市場のトレンドについて教えてください
経済産業省の調査では、2024年の国内BtoB-EC市場規模は約514.4兆円、EC化率は43.1%まで伸長しています。成長市場で優位性を保つには、バックヤードDXによる納期短縮と在庫精度の向上が不可欠です。
まとめ:BtoB在庫管理は「信頼」を可視化する技術
ShopifyのBtoB在庫管理を最適化することは、取引先に対して「確実な納期情報」を約束することに他なりません。これは、企業間取引において最も重要な「信頼」をデジタルで担保することに直結します。Plus移行や外部OMS導入の最短ルートを選ぶには、まず現状の業務フローを棚卸しすることが重要です。
大阪でBtoB ECの構築や、在庫管理・物流フローの改善をご検討中の事業者様は、ぜひ一度digrartへご相談ください。貴社の複雑な商習慣に寄り添い、現場に無理のない最適なデジタル設計をサポートいたします。
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この記事を書いた人
大阪市中央区にて2009年よりWeb制作・運用支援を行い、1,000件以上の実績を持つWeb制作会社「digrart(ディグラート)」編集部が、本記事を執筆・監修しています。
現場で培った豊富な知見を活かし、Webサイト制作、ECサイト制作、SEO対策、Webコンサルティングの実践的なハウツーをお届けします。
初心者からプロまで、Web戦略の成功をサポートする実務ベースの情報が満載です。
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